Untuk mematikan PHP safe mode untuk seluruh domain di server cPanel, ikuti langkah-langkah berikut :

1. Login WHM, lalu di menu kiri arahkan ke Service Configuration, lalu klik PHP Configuration Editor
   
   
2. Pada baris Safe Mode, rubah jadi Off, lalu klik tombol Save
   

Sedangkan di bawah ini adalah langkah-langkah untuk mematikan PHP Safe Mode untuk domain tertentu :

1. SSH ke server cPanel
2. Buka file httpd.conf, edit bagian VirtualHost untuk domain tersebut (misal namadomain.com), tambahkan baris php_admin_flag safe_mode Off seperti contoh dibawah ini :
   <VirtualHost xxx.xxx.xxx.xxx:80>
   ServerName namadomain.com
   ServerAlias www.namadomain.com
   DocumentRoot /home/namauser/public_html
   ServerAdmin webmaster@namadomain.com
   php_admin_flag safe_mode Off

   ## User platae # Needed for Cpanel::ApacheConf
   <IfModule mod_suphp.c>
   suPHP_UserGroup platae platae
   </IfModule>
   <IfModule !mod_disable_suexec.c>
   SuexecUserGroup namadomain namadomain
   </IfModule>
   CustomLog /usr/local/apache/domlogs/namadomain-bytes_log “%{%s}t %I .\n%{%s}t %O .”
   CustomLog /usr/local/apache/domlogs/namadomain combined
   ScriptAlias /cgi-bin/ /home/namauser/public_html/cgi-bin/
   # To customize this VirtualHost use an include file at the following location
   # Include “/usr/local/apache/conf/userdata/namauser/namadomain.com/*.conf”
   </VirtualHost>
   

3. Restart HTTP Service (Apache), bisa dari command atau lewat WHM :

   root@server [~]# service httpd restart
   

Sumber : 1

<VirtualHost 100.100.100.100:80>
ServerName domain-satu.com
ServerAlias *.domain-satu.com
DocumentRoot /home/domain-satu.com/html
ServerAdmin admin@domain-satu.com
TransferLog /home/domain-satu.com/logs/transfer.log
ErrorLog /home/domain-satu.com/logs/error.log
</VirtualHost>

<VirtualHost 100.100.100.100:80>
ServerName domain-dua.com
ServerAlias *.domain-dua.com
DocumentRoot /home/domain-dua.com/html
ServerAdmin admin@domain-satu.com
TransferLog /home/domain-dua.com/logs/transfer.log
ErrorLog /home/domain-dua.com/logs/error.log
</VirtualHost>

Dan juga, “domain-dua.com” point ke websitenya “domain-satu.com”.

Setelah itu kita melakukan start/restart apache, kita mendapatkan error seperti dibawah ini

VirtualHost 100.100.100.100:80 overlaps with VirtualHost 100.100.100.100:80, the first has precedence, perhaps you need a NameVirtualHost directive

Note : IP 100.100.100.100 hanya contoh, tergantung IP di mesin anda. Dan mungkin pesan error itu tidak hanya satu baris saja, bisa beberapa baris tergantung berapa jumlah VirtualHost yang anda buat.

Sekarang masuk lagi ke httpd.conf, carilah baris “NameVirtualHost”, lalu edit baris tersebut menjadi seperti berikut :

NameVirtualHost 100.100.100.100:80

Letakkan baris tersebut sebelum baris-baris VirtualHost anda. Setelah itu simpan dan keluar, lalu restart apache :

# service httpd restart

Seharusnya sekarang pesan error seperti disebutkan di atas tidak muncul lagi.